微波殺菌方法是我們見到最常用的殺菌方法之一，除此之外，我們常見的殺菌方法還有有：巴氏殺菌，高溫殺菌，超高溫殺菌，紅紅外殺菌，紫外殺菌，高壓殺菌，輻照殺菌等。
其中巴氏殺菌和高溫殺菌是比較古老的殺菌方法，廣泛應用于食品生產中，巴氏，高溫，超高溫等都是借助熱力進行殺菌，所以需要有較高的溫度，由于每種產品的傳熱性都不一樣，靠熱力殺菌時，導熱性好的產品中心溫度上升快，殺菌時間較短，殺菌后的產品口味變化不大，對于體積較大，傳熱性差的產品，殺菌時間長，富含香味的產品口味變化較大。
紅外殺菌、紫外殺菌和微波殺菌原理同屬于輻射殺菌，殺菌時，通過紅外，紫外或微波進行輻射殺菌，由于紅外和紫外的波長很短，幾乎只能停留在物體的表面層，并且熱效應又很少，所以紅外和紫外只適合于產品的外表層殺菌。而微波波長有10厘米左右，只要產品的厚度不超過15厘米，由向饋入時，微波都能到達產品的中心，所以微波的殺菌是整體殺菌殺菌較紅外，紫外更徹底。
說到輻射殺菌，常見的還有一種叫鈷60的殺菌方法，但這種殺菌方法由于有輻射殘留，所以已被歐盟等地區禁用。而微波殺菌優點之一就是沒有殘留，安全環保。
